PCR擴(kuò)增時(shí)加入的引物利用熒光素進(jìn)行標(biāo)記，使引物和熒光探針同時(shí)與模板進(jìn)行特異性結(jié)合，擴(kuò)增結(jié)果通過熒光信號(hào)采集系統(tǒng)實(shí)時(shí)采集信號(hào)并輸送到計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)，實(shí)時(shí)輸出量化結(jié)果，這樣的PCR儀叫實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀。
 

　　(1)金屬板式實(shí)時(shí)定量PCR儀
 

　　可作為普通PCR儀使用
 

　　可帶梯度功能
 

　　可容納的樣本量大，無需特殊耗材
 

　　溫度均一性欠佳，有邊緣效應(yīng)，標(biāo)準(zhǔn)曲線的反應(yīng)條件難以做到與樣品全一致
 

　　(2)離心式實(shí)時(shí)定量PCR儀
 

　　溫度均一性較好
 

　　使用的是同一個(gè)激發(fā)光源和檢測器，隨時(shí)檢測旋轉(zhuǎn)到跟前的樣品，有效減少系統(tǒng)誤差
 

　　可容納樣品量少，有的需用特殊毛細(xì)管作樣品管，增加了使用成本，也不帶梯度功能
 

　　(3)各孔獨(dú)立控溫的定量PCR儀
 

　　不同樣品槽分別擁有獨(dú)立的智能升降溫模塊，各孔獨(dú)立控溫，適合多指標(biāo)快速檢測。
 

　　SmartCyclerⅡ的軟件允許一臺(tái)儀器同時(shí)操作六個(gè)樣品模塊，既滿足高速批量要求，又能靈活運(yùn)用，還可實(shí)現(xiàn)任意梯度反應(yīng)。
 

　　SmartCyclerⅡ上樣不如傳統(tǒng)方法方便，而且需要有的扁平反應(yīng)管，使用成本較高。